您有权根据建房协议扣包工头钱。依据《合同法》，协议是双方约定，应履行维修或赔偿。不及时处理可能导致损失扩大，影响居住安全。
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可扣钱但需依协议。操作：1. 立即通知包工头检查漏水，记录并拍照留证。2. 根据建房协议，要求维修或赔偿。3. 若包工头拒绝，咨询律师，准备法律材料，提起诉讼。
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常见处理方式为要求维修或赔偿。建议先与包工头协商，明确责任与赔偿；协商不成，可依据协议采取法律手段。