12岁男孩和女孩发生性关系，一般按强奸罪处理。依据《刑法》，与不满14周岁幼女发生性关系，不论幼女是否自愿，均构成强奸罪。若不及时处理，可能对受害者造成长期心理创伤，影响身心健康。
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按强奸罪处理。具体操作：1.立即报警，由警方调查取证；2.受害者及其家属可寻求心理咨询和法律援助；3.司法机关将依法对行为人进行审判，确保其受到应有惩罚；4.社会各界应关注受害者后续康复，避免二次伤害。
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此情况常按强奸罪处理，需报警并由司法机关介入。选择处理方式时，应优先考虑保护受害者权益，确保其得到心理支持和法律援助，同时依法追究行为人责任。